Para el Apertura 2002 Cuauhtémoc Blanco regresa al equipo buscando obtener el bicampeonato, en este mismo torneo las Águilas hicieron su presentación hasta la jornada 2 contra Guadalajara, ya que su primer partido sería contra Pachuca, pero debido a su compromiso con la Libertadores se aplazó la fecha; en ese mismo torneo Manuel Lapuente se separó provisionalmente del cargo, regresando hasta la fecha 11, por problemas de salud; en el interinato de Mario Carrillo el equipo logró una buena productividad de 8 victorias y dos empates, con el regreso de Lapuente el equipo terminó en primer lugar de la tabla, producto de 13 victorias, 4 empatados y 2 perdidos (43 puntos, récord de torneos cortos).
